С.М. Зарин  родился в семье священника. Обучался в Тамбовской Духовной Семинарии  (1889-1895) и Санкт-Петербургской Духовной Академии (1895-1899).  Написал кандидатское  сочинение на тему «Смысл аскетизма по учению Библии и святых Отцев»

По окончании СПбДА остался в ней, став профессорским стипендиатом по кафедре нравственного богословия (с 16 авг. 1899 по 15 авг. 1900). Под руководством  Бронзова изучал святоотеческие творения, особо рассматривал вопрос о браке.

23 окт. 1900 г. З. был определен на должность преподавателя русского и церковнославянского языков в 1-м классе Александро-Невского Духовного Училища и в Исидоровском епархиальном жен. уч-ще. В марте 1902 г. назначен на должность преподавателя старших классов Александро-Невского, с декаюря 1904 г. преподавал во всех штатных классах Александро-Невского Духовного Училища и в Исидоровском училище.

С сентября 1903 г. делопроизводитель правления Александро-Невского Духовного Училища, в 1907-1910 гг. смотритель училища. Участвовал в Религиозно-философских собраниях, проходивших в С.-Петербурге в 1901-1903 гг.

В декабре 1904 г. З. представил в Совет СПбДА в рукописном виде сочинение «Сущность православного учения об аскетизме: Опыт этико-богословского исследования» (в 6 тетрадях).

22 февр. 1906 г. Совет одобрил сочинение к печати, а 22 дек. того же года постановил принять отпечатанный труд «Аскетизм по православно-христианскому учению» на соискание степени магистра богословия. Магистерский диспут состоялся 4 апреля  1907 г. Оппонентами выступили Бронзов и исполняющий обязанности инспектора СПбДА архимандрит  Феофан (Быстров; впосл. архиепископ Полтавский). 

В 1910 г. работа  С.М. Зарина  была отмечена полной Макариевской премией.

В 1916 г. З. во 2-й раз получил премию за сочинения «Заповеди блаженства (Мф 5. 1-12; Лк 6. 20-26)» и «Закон и Евангелие по учению Господа в Евангелии Матфея».

В октябре 1909 г. С.М. Зарин был избран доцентом по кафедре пастырского богословия СПбДА, 12 мая 1910 г. перемещен на 1-ю кафедру Священного  Писания Нового Завета.

С 22 ноября 1910 г. состоял инспектором СПбДА, с 1 окт. 1917 г.- проректором. После кончины ректора Анастасия (Александрова), епископа  Ямбургского, с 10 июля 1918 г. исполнял обязанности ректора.

В январе 1910 г. С.М. Зарин  вошел в состав образованных при синодальном Учебном комитете комиссий по пересмотру учебных программ по догматическому и нравственному богословию, литургике, церковному уставу и др. Ему принадлежит около 50 статей в «Православной богословской энциклопедии» (в т. ч. «Иоанн Лествичник», «Канон литургии (католической)», «Карфагенские соборы», «Катехизисы католические», «Книги апокрифические Нового Завета», статьи о некоторых папах Римских), из них 21 не опубликована, хранится в РГИА. Печатался в журналах «Христианское чтение», «Странник», «Голос Церкви»«Церковный вестник», «Церковные ведомости» и др. Награжден орденами св. Станислава 3-й (1905) и 2-й (1909) степени, св. Анны 2-й степени (1912), св. Владимира 4-й степени (1914).Не позднее 1923 г. примкнул к обновленчеству. По его словам, уже на Религиозно-философских собраниях он «проводил подлинно-православные, но считавшиеся тогда либеральными, положения о необходимости продолжения догматического развития в Церкви, об односторонности и недостаточности исторического монашества и т. д.», а в магистерской диссертации защищал идеи, являющиеся «отличительными для обновления, идеи равноценности брака и безбрачия, идею религиозной правды о земле и т. д.» 

Участвовал в обновленческом Поместном Соборе 1923 г. В январе 1925 г. на обновленческом Всероссийском совещании клира и мирян избран в Предсоборную комиссию (под председательством обновленческого митр. Евдокима (Мещерского)) по подготовке Вселенского и Поместного Соборов. Участвовал в 3-м обновленческом Поместном Соборе в окт. 1925 г., избран товарищем председателя. Сделал на Соборе доклад «О духовном просвещении», выступал в прениях по докладам обновленческих митр. Александра Введенского «О современном положении православия» и протопресвитера Павла Красотина «О деятельности Священного Синода и о мероприятиях к примирению церковного разделения».

С 1925 г. был членом пленума обновленческого Синода, секретарем его президиума, председателем юридического отдела, заведующим архивом. Участвовал в последнем заседании Синода (29 апреля 1935), на котором было принято решение о его самоликвидации.

С декабря 1924 г.  входил в состав Учебного комитета при обновленческом Синоде, затем стал заместителем председателя. Подписал «Обращение ко всем деятелям богословской науки и духовного просвещения Православной Русской Церкви от собравшегося в Москве 27-31 января 1925 г. Совещания ученых богословов», тогда же вошел в состав сформированного профессорского бюро. 18 мая 1925 г. удостоен степени доктора богословия по совокупности трудов.

С.М. Зарин был профессором и проректором Московской богословской академии, открытой на территории МДА, читал лекции по Новому Завету (с элементами греч. языка) и нравственному богословию (христианской этике).

С 1927 г. Московская богословская академия по предложению Зарина перешла на «комплексную систему преподавания». На пленуме Синода 31 января  1927 г. выступал с докладом о положении богословских школ.

В 1925-1927 гг. читал лекции «Идеология обновленчества» и др. на обновленческих миссионерских курсах в Ростове-на-Дону, Краснодаре, Москве, Орехово-Зуеве. Входил в состав Издательского отдела обновленческого Синода, был редактором и издателем «Вестника Священного Синода Православной Российской Церкви».

Умер вне общения с РПЦ  в  1935 г., похоронен на Ваганьковском кладбище в Москве.